ソフトケースに入れていて、出した時には折れていたと言うことですが、ハードケースに入れていても、同じ事は起きます。
ソフトケースの場合、アクシデントがあった際はある程度のダメージは避けられないかもしれませんが、ハードケースの場合は、入っている状態や入れ方によって左右します。
まず一番良いのは、ケースに入れて前後左右に振ってみて、中でギターが動かずフィットしている事、ネック全体もしくはナット下付近がしっかり枕に乗って、ヘッドの先がどこにも当たっていない事。
緩くて中で動いてしまう場合は、新聞紙等で隙間をつめてやります。
普段はあまり神経質になるのも大変ですが、宅配便等を使って移動させる場合は、是非参考にしてみてください。